
Sub Bagian Tata Usaha
Sub Bagian Tata Usaha dikepalai oleh serong Kasubag, dan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan rencana, evaluasi dan pelaporan, serta urusan tata usaha dan rumah tangga.
Kelompok Jabatan Fungsional
Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi UPT sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan
Sub Koordinator Karantina Hewan
Sub Koordinator Jabatan Fungsional Karantina Hewan mempunyai tugas mengkoordinasikan dan mengelola kegiatan pelayanan fungsional operasional karantina hewan.
Sub Koordinator Karantina Tumbuhan
Sub Koordinator Jabatan Fungsional Karantina Tumbuhan mempunyai tugas mengkoordinasikan dan mengelola kegiatan pelayanan fungsional operasional karantina tumbuhan.
Wilayah Kerja
Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta merupakan UPT Badan karantina Pertanian yang mempunyai wilayah kerja di DIY dan Provinsi Jawa Tengah, yakni :
- Kantor Induk dan Wilker Bandara Adisucipto
- Wilker Bandara Adi Sumarmo
- Wilker Bandara YIA, Kulonprogo
- Wilker Kantro Pos Yogyakarta
