1. Kepala Balai

- Nama : drh. Ina Soelistyani
- Jabatan : Kepala Balai
- Instansi : Balai Karantina Kelas II Yogyakarta
- TTL : Lahir di Yogyakarta pada tanggal 25 Mei 1969.
- Pendidikan : Lulus S1 Fakultas Kedokteran Hewan UGM tahun 1995.
- Riwayat Pekerjaan : Menjabat Kepala Balai sejak Tahun 2017, sebelumnya adalah Kepala Seksi Karantina Hewan BKP Kls II Yogyakarta, pernah bertugas sebagai Medik Veteriner di BKP Kelas I semarang dan SKP Kelas I Cilacap.
- Penghargaan yang pernah diterima : Pelopor Pembangunan ZI dan WBBM lingkup Kementan Tahun 2020 dari Menteri PAN RB.
- Email : inasoelistyani@pertanian.go.id
- Telpon : 0274-488856
2. Kasubag Tata Usaha – Budi Susilo, SE

- Nama : Budi Susilo, SE
- Jabatan : Kasubag Tata Usaha
- Instansi : Balai Karantina Kelas II Yogyakarta
- TTL : Lahir di Metro, Lampung pada tanggal 09 Nopember 1973.
- Pendidikan : Lulus S1 Fakultas Ekonomi UGM tahun 1999.
- Riwayat Pekerjaan : Menjabat Kasubag TU sejak Tahun 2017, sebelumnya adalah bertugas di BKP Kls II Yogyakarta.
- Penghargaan yang pernah diterima : Pegawai berprestasi Inovatis Sistem Informasi Administrasi Perkantoran lingkup Badan Karantina Pertanian Tahun 2020.
- Telpon : 0274-488856
- Email : budisusilo@pertanian.go.id
3. Sub Koordinator Karantina Hewan – drh. Nurlia Ardianti

- Nama : drh. Nurlia Ardianti
- Jabatan : Sub Koordinator Karantina Hewan / Dokter Hewan Karantina
- Instansi : Balai Karantina Kelas II Yogyakarta
- TTL : Lahir di Yogyakarta pada tanggal 22 Mei 1983.
- Pendidikan : Fakultas Kedokteran Hewan UGM tahun 2006.
- Riwayat Pekerjaan : Sebelumnya adalah Kasie Karantina Hewan di BKP Kls II Yogyakarta.
- Telpon : 0274-488856
- Email : nurliaardianti@pertanian.go.id
4. Sub Koordinator Karantina Tumbuhan

- Nama : Kristiana Ika Rini, SP
- Jabatan : Sub Koordinator Karantina Tumbuhan / Analis Perkarantinaan Tumbuhan Ahli Muda
- Instansi : Balai Karantina Kelas II Yogyakarta
- TTL : Lahir di Klaten pada tanggal 25 Desember 1980.
- Pendidikan : Fakultas Pertanian – Hama Tumbuhan UGM tahun 2004.
- Riwayat Pekerjaan : Sebelumnya adalah Kasie Karantina Tumbuhan di BKP Kls II Yogyakarta.
- Telpon : 0274-488856
- Email : kristianaika@pertanian.go.id