Badan Karantina Pertanian (disingkat Barantan) merupakan bekas unsur pendukung pada Kementerian Pertanian Republik Indonesia yang bertugas untuk menyelenggarakan perkarantinaan pertanian dan pengawasan keamanan hayati. Sejak terbitnya Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023 pada tanggal 20 Juli 2023, unsur-unsur dalam Badan Karantina Pertanian digabungkan dengan Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan menjadi Badan Karantina Indonesia yang merupakan lembaga pemerintah nonkementerian.
Setelah kemerdekaan negara Republik Indonesia, urusan karantina pertanian berada di bawah tanggung jawab Departemen Pertanian dengan fungsi karantina hewan, karantina ikan, dan karantina tumbuhan berada di bawah unit yang berbeda. Pada tahun 2001, Keputusan Presiden Nomor 58 Tahun 2001 menyatakan bahwa Badan Karantina Pertanian sebagai unit eselon Ia di Departemen Pertanian, yang terdiri atas unsur karantina hewan dan karantina tumbuhan.[3] Sementara itu, unsur karantina ikan dipindahkan dari Departemen Pertanian ke Departemen Kelautan dan Perikanan sebagai Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) pada 27 September 2001.
Sejak tahun 2008, tepatnya setelah terbit Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, terjadi penggabungan antara karantina hewan dan karantina tumbuhan menjadi karantina pertanian dalam kerangka operasional di lapangan.Mulai saat itu, terbentuk 52 unit pelaksana teknis karantina pertanian yang tersebar di seluruh Indonesia.[3]
Setelah puluhan tahun diterapkan, beberapa ketentuan dalam Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992 dianggap sudah tidak sesuai dengan perkembangan dan kebutuhan hukum di masyarakat sehingga periu diganti. Oleh karena itu, pada tahun 2019 diterbitkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan untuk menggantikan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992. Pada tahun 2023, Badan Karantina Pertanian dan BKIPM digabungkan menjadi Badan Karantina Indonesia, sebuah lembaga pemerintah nonkementerian yang bertanggung jawab langsung di bawah Presiden Indonesia.
Badan Karantina Indonesia adalah lembaga pemerintah yang menyelenggarakan tugas pemerintahan di bidang karantina hewan, ikan, dan tumbuhan. Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan yang selanjutnya disebut Karantina adalah sistem
pencegahan masuk, keluar dan tersebarnya hama dan penyakit hewan karantina, hama dan penyakit ikan karantina, dan organisme pengganggu tumbuhan karantina, serta pengawasan dan/atau pengendalian terhadap keamanan pangan dan mutu pangan, keamanan pakan dan mutu pakan, produk rekayasa genetik, sumber daya genetik, agensia hayati, jenis asing invasif, tumbuhan dan satwa liar, serta tumbuhan dan satwa langka yang dimasukkan ke dalam, tersebarnya dari suatu area ke area lain, dan/atau dikeluarkan dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
