Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta merupakan unit pelaksana teknis di bidang karantina hewan dan tumbuhan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian, Kementerian Pertanian. Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta dipimpin oleh seorang Kepala Balai