Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Pertanian Instansi Daerah Lingkup Pemda DIY Instansi Lintas K/L
Balai Besar Karantina Pertanian Makassar Dinas Pertanian Pemda DIY KPPBC Tipe Madya Pabean B Yogyakarta
Balai Besar Karantina Pertanian Soekarno Hatta Dinas Pertanian, Pangan dan Perikanan Kabupaten Sleman PT Angkasa Pura Yogyakarta
Balai Besar Karantina Pertanian Surabaya Kantor Imigrasi Kelas I Yogyakarta
Balai Besar Karantina Pertanian Tanjung Priok
Balai Karantina Pertanian Kelas I Bandar Lampung
Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin
Balai Karantina Pertanian Kelas I Batam
Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar
Balai Karantina Pertanian Kelas I Jambi
Balai Karantina Pertanian Kelas I Mataram
Balai Karantina Pertanian Kelas I Padang
Balai Karantina Pertanian Kelas I Palembang
Balai Karantina Pertanian Kelas I Pekanbaru
Balai Karantina Pertanian Kelas I Pontianak
Balai Karantina Pertanian Kelas I Semarang
Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta
Balai Karantina Pertanian Kelas II Gorontalo
Balai karantina Pertanian Kelas II Kendari
Balai Karantina Pertanian Kelas II Palangkaraya
Balai Karantina Pertanian Kelas II Palu
Balai Karantina Pertanian Kelas II Tarakan
Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate
Balai Uji Terap Teknik dan Metoda Karantina Pertanian
Stasiun Karantina Pertania Kelas I Biak
Stasiun Karantina Pertania Kelas I Entikong
Stasiun Karantina Pertania Kelas I Pare-Pare
Stasiun Karantina Pertania Kelas II Bangkalan
Stasiun Karantina Pertania Kelas II Ende
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Aceh
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Bengkulu
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Cilacap
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Sorong
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Sumbawa Besar
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Tanjung Balai Asahan
Stasiun karantina Pertanian Kelas I Tanjung Balai Karimun
Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Mamuju